通信量にはあまり差がありません。
変数同期を使用する場合、決まった頻度 (sendRateプロパティで指定された頻度) で同期処理が行われます。しかし、同期処理のたびに必ず変数の値を送信するわけではなく、値が変更された変数のみを送信するようになっています。このため、変数同期でもRPCでも、状態に変化があった場合のみ情報を送信するという動作になり、通信量という点では大きな差は生じません。
ユーザーズガイドの「パフォーマンスを向上させる方法」に、変数同期よりもRPCの方が性能が良いと記載してありますが、これは通信量に注目したものではなくSDK内部の処理性能を考慮したものです。
変数同期の場合には、変数の値が変更されたことの検出にある程度のオーバーヘッドが生じます。オーバーヘッドと言っても通常は問題になるような処理ではありませんが、同期対象の変数が大量にあって、その大半がめったに変化しないような場合には無視できなくなる場合があります。同期対象の変数を減らした上で、ユーザー入力などの延長でそのままRPCを呼び出すように書き直すことにより、処理を軽くできる可能性があります。